Tras ser derrotado por Mega Man y admitir sus errores, el Dr. Wily renuncia al
mal y ayuda al Dr. Light en el desarrollo del gigantesco robot «Gamma».
Pero no todo sale a pedir de boca: un día, los robots enviados a ocho planetas mineros se vuelven locos. Mega Man se pone en camino, acompañado de Rush, para desentrañar la causa de esta crisis interplanetaria.